Andere fondsen en instituten zijn belangrijke partners van de Mondriaan Stichting. Het aantal partnerships is ook uitgebreid met verschillende soorten organisaties. In 2007 werkte de Mondriaan Stichting met de volgende instanties samen:

Fonds Beeldende Kunsten, Vormgeving en Bouwkunst 
Publicaties
Belangrijke partner is het Fonds voor Beeldende Kunsten, Vormgeving en Bouwkunst. Met het ondersteunen van individuele kunstenaars, vormgevers en architecten oriënteert het Fonds BKVB zich voornamelijk op productie en aanbod. De Mondriaan Stichting concentreert zich met het financieren van instellingen en organisaties op presentatie en afname. Om stapeling van subsidies te voorkomen en aanvragen voor publicaties onderling beter af te stemmen werken beide fondsen sinds 2005 nauw samen bij het ondersteunen van publicaties. De bij beide fondsen ingediende aanvragen worden in behandeling genomen op basis van samengevoegde budgetten en commissies.

Second Opinion
In 2007 hebben het Fonds BKVB en de Mondriaan Stichting een publicatie uitgebracht over het subsidiëren van beeldende kunst. Beide fondsen zijn voorstander van concentratie van middelen (minder kunstenaars en organisaties zouden meer ondersteuning moeten ontvangen) en van extra investering in de afname van kunst (bijvoorbeeld door het verhogen van productiebudgetten van musea en presentatie-nstellingen). In een openbaar debat op 3 oktober in de Openbare Bibliotheek van Amsterdam boden het Fonds BKVB en de Mondriaan Stichting een platform voor discussie over de betekenis en het effect van overheidsgeld voor de beeldende kunst en over de positie van beeldend kunstenaars en instellingen. Criticasters en voorstanders gingen in debat over alternatieven voor het subsidiestelsel.