Aanvragen die voldoen aan de formele eisen worden, indien nodig, voorgelegd aan een adviescommissie of deskundig adviseur. Onder eindverantwoordelijkheid van de directeur besluit het bureau welke aanvragen aan welke adviescommissie worden voorgelegd. De adviezen liggen ten grondslag aan de besluitvorming van de Mondriaan Stichting. Overigens is de Mondriaan Stichting volledig beslissingsbevoegd, zij kan van adviezen afwijken. Als dat gebeurt, wordt het bestuur in het besluit gekend. Het bestuur is in de regel niet rechtstreeks bij de besluitvorming betrokken. Commissies beoordelen de aanvragen op de inhoudelijke criteria in de regelingen, en waar relevant op het Algemeen Reglement. Belangrijk hierbij zijn:

• Belang
  Projecten worden getoetst op hun bijzondere belang voor beeldende kunst, vormgeving en cultureel erfgoed, voor specifieke doelgroepen of een algemeen publiek, of zij van nationale of internationale betekenis zijn en een uitzonderlijk en voorbeeldstellend karakter hebben.
• Publieksbereik 
  Bij het beoordelen van aanvragen staat de wisselwerking tussen kunst, vormgeving en publiek centraal. Bij aanvragen voor cultureel erfgoed is het toegankelijk maken en presenteren voor nieuwe of specifieke doelgroepen of een breed, algemeen geïnteresseerd publiek belangrijk. Projecten worden beoordeeld naar de mate waarin zij relevant zijn voor een publiek en de wijze waarop zij belangstelling voor hedendaagse kunst, vormgeving en erfgoed activeren en stimuleren.
• Kwaliteit
  Projecten worden getoetst op uitgangspunten en motivering en of de kwaliteit van betrokken personen en organisaties en het artistiek niveau van betekenis zijn. Ook de cultuurhistorische waarde van het cultureel erfgoed, de professionaliteit van het project en de slagingskans zijn relevant.
• Relatie met de collectie
  Voor aanvragen van cultureel erfgoedorganisaties die gericht zijn op collecties geldt een aanvullend criterium. De inbedding van de activiteit, bijvoorbeeld een aankoop, in het collectie- en presentatiebeleid van de aanvragende organisatie staat centraal. Hoe versterkt de activiteit de collectie of programmering van de aanvrager?