De Mondriaan Stichting is een zelfstandig bestuursorgaan en valt onder de werking van de Algemene wet bestuursrecht. Dit brengt mee dat aanvragers bezwaar kunnen maken als zij het niet eens zijn met een besluit. Dat kan als de aanvraag is afgewezen, maar ook als de Mondriaan Stichting een ander bedrag toekent dan was aangevraagd. Ook is bezwaar mogelijk als er bij het vaststellen van de definitieve bijdrage wordt afgeweken van de toezegging. In de beoordeling van het bezwaar staan het bezwaarschrift en de toelichting die daarop wordt gegeven bij een eventuele hoorzitting centraal. In de bezwaarprocedure wordt het besluit integraal heroverwogen; de heroverweging blijft dus niet beperkt tot een procedurele of juridische toetsing. Belangrijk is ook dat de belanghebbende nieuwe informatie kan verschaffen, die bij het nemen van een besluit over het bezwaar wordt meegewogen.

Het aantal bezwaren is ten opzichte van 2006 gedaald. In 2007 kwamen 45 bezwaren binnen, waarvan acht van galeries over hun uitsluiting van de KunstKoop. Doordat bovendien dertien bezwaren uit 2006 nog niet waren beantwoord, moest in totaal over 58 bezwaren een besluit worden genomen. Over 51 bezwaren werd een inhoudelijke beslissing genomen. In elf gevallen werd het oorspronkelijke besluit herzien, meestal op grond van nieuwe informatie die in de bezwaarprocedure beschikbaar kwam. Vier bezwaarprocedures zijn nog niet afgerond. Twee galeries hebben beroep aangetekend bij de rechtbank op hun afwijzing voor de KunstKoop.

Financiële afhandeling
Wanneer de Mondriaan Stichting aanvragen honoreert, zijn daaraan voorwaarden verbonden. Een van die voorwaarden is de financiële en inhoudelijke verantwoording van het project binnen drie maanden na afloop. Met die verantwoording, die bij bedragen boven € 25.000 vergezeld moet gaan van een accountantsverklaring, kan de Mondriaan Stichting nagaan of de toegezegde ondersteuning inderdaad nodig was en conform de toezegging is besteed. Op grond van de afrekening besluit de Mondriaan Stichting over de definitieve financiële ondersteuning.