De Mondriaan Stichting financiert haar activiteiten met middelen uit de Cultuurnota van het ministerie van OCW. Voor de periode 2005–2008 beloopt de totale subsidie € 76.295.439, waarvan voor de jaren 2005–2007 uit de Hgis-Cultuurmiddelen 3,3 miljoen euro voor internationale activiteiten aan de Mondriaan Stichting gedelegeerd
is door de ministeries van Buitenlandse Zaken en OCW. De Mondriaan Stichting ontvangt naast deze subsidies ook specifieke doelsubsidies van beide ministeries:

• Cultuureducatie
  De Mondriaan Stichting en het Nederlands Fonds voor Podiumkunsten+ hebben in 2007 en 2008 de beschikking over 1,5 miljoen euro per jaar voor het ondersteunen van cultuureducatieve activiteiten in alle kunstdisciplines en het cultureel erfgoed. In 2007 was de druk op het budget zo hoog, dat het ministerie van OCW eind 2007 een extra toezegging heeft gedaan van € 300.000. In 2007 is in totaal 2,2 miljoen euro besteed. 
• Veiligheidszorg
  Het ministerie van OCW stelde in 2005 budget beschikbaar voor het bevorderen van de kwaliteit van de veiligheidszorg bij niet-rijksinstellingen. Voor 2006, 2007 en 2008 is jaarlijks € 500.000 beschikbaar. In 2007 werd € 422.802 besteed. 
• Nederlandse Antillen
  Voor het ontwikkelen van infrastructuur voor beeldende kunst op de Nederlandse Antillen stelde het ministerie van OCW in 2006 eenmalig een subsidie beschikbaar van € 100.000. Dit bedrag is besteed aan de activiteiten in 2007 van Instituto Bueno Bista op Curaçao.